科学家发现在基因组调控的结合连续性，揭开转录因子之间的合作规则

Stripe factors 则会借助其它核糖体表征混合到同一个管控周边地区上，从而增加核糖体表征在 DNA 上的停留时间，并维持线粒体组管控周边地区的开放性。

关的期刊撰写在 Molecular Cell 上，《“色带”核糖体表征提供哺乳动物线粒体组中会的共五混合性伴侣的可访问性》（“Stripe”transcription factors provide accessibility to co-binding partners in mammalian genomes），赵永兵是期刊第一编者兼共五同无线通讯编者 [2]。

示意图 | 关的期刊（来源：Molecular Cell）

明了细胞核内核糖体表征错综复杂的共五同规章

这一系列分析的主要目的是明了细胞核内核糖体表征错综复杂的共五同规章，这将有助于探寻最主要乳腺癌在内的各种乳腺癌暴发的微药理学前提。

据称，赵永兵在转到 NIH 之前，曾在怀特养老院医学中会心文书工作过。之前，他依然投身于乳腺癌暴发操作过程中会的核糖体管控前提分析。因此，对于核糖体表征如何在线粒体组的管控周边地区构成 enhanceosome、以及 enhanceosome 如何管控河口线粒体等解决办法比较感兴趣。

转到 NIH 便，刚好科学分析室也正要组织起来关的分析，赵永兵与他的学生一拍即合，很快就一致了大致分析一段距离，即核糖体表征错综复杂的共五同前提。

作为分析目的之一，一心要探寻核糖体表征错综复杂互作规章，首先就要获得所有核糖体表征在同类型线粒体组上的混合肽链。

传统观念方法有是采用 ChIP-Seq 科学分析的方法有，但是该方法有一次根本无法在一个细胞核%-之中面检测一个核糖体表征。要一心在大规模%-中会深入分析 1000 多种核糖体表征，该方法有存在多种局限性，譬如成本太高、不是所有的核糖体表征都有适用于 ChIP-Seq 科学分析的特异性。

经过各种探寻，赵永兵只好采用基于数值的方法有，利用 ATAC-Seq/DNase-Seq 和 RNA-Seq 资料来可知核糖体表征的潜在混合肽链。

科学分析策略确定后，几周就是正要资料。为了新一轮明了并不相同细胞核和其组织之中面的表征，赵永兵下载了整个 ENCODE 和 GEO 在线中会有关人和小鼠的 ATAC-Seq/DNase-Seq 资料%-，并透过预处理。

资料预处理的主要文书工作内容最主要：去掉 ENCODE 和 GEO 两个在线错综复杂的重复资料；深入分析哪些是微药理学重复、哪些是新技术重复；明了细胞核和其组织的性状背景；资料质量深入分析等。甚至还须要查看这些资料的原始文献，以便明了背后%-的正要系统设计。

启动 ATAC-Seq/DNase-Seq 的资料预处理便，还得重新回到 ENCODE 和 GEO 在线之中面，找到对应细胞核其组织的 RNA-Seq 资料，并对 RNA-Seq 也透过预处理。

“收集资料的文书工作量比较巨大，幸交的是我在数值机程序员不方便比较有经验，所以我读到了一些自动化程序，来对公共五在线之中的内容透过深入分析和提取。这些自动化程序大大提高了我的文书工作效率。”赵永兵知道。

启动资料正要和进一步深入分析后，赵永兵获得了 1400 种核糖体表征在 500 种人和小鼠细胞核其组织中会的潜在混合示意图谱。

“这是更大的资料量，虽然我依然在好好大规模资料挖掘，但在得到这些资料时依然感觉很兴奋。不过，我还是让自己冷静下来，毕竟如何深入挖掘这些资料才是极为关键性。”赵永兵知道。

通过机器自学方法有辨认出并证明 Stripe factor 便，赵永兵立马和他的学生互动了这个好消息，他的学生也觉得这个辨认出比较让人振奋。于是，他们独自头脑风暴，深入分析可能的微药理学新功能、以及如何设计科学分析证明等。

在新功能证明和探寻操作过程中会，赵永兵和共五同制作组采用多种微药理学科学分析新技术，譬如线粒体编辑新技术（CRISPR，Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）、杂交小鼠建模、单分子示踪显微镜等。

他知道：“毕竟我个人身份的基础知识供给、把握的新技术以及时间全身心是有限的，因此就应邀了新的共五同伙伴转到工程建设中会。正因为他们的转到，这个工程建设才再一快速往前推。”

而由于新冠疫情指导性新政策的限制，基本上有大半年整个科学分析接近停摆状况。好在指导性压抑后，每次并不需要一小部分人回家好好科学分析，但名额和时间段须要跟其他几个科学分析室协调，于是大家开始轮流倒班去好好科学分析。

譬如，平时可以缩减到 10 来个人身份同时文书工作的细胞核房，在指导性之前在此之前只并不需要 1 个人身份在之中面好好科学分析。由于在在此之前内，只并不需要少数人去好好科学分析，于是大家倒班好好科学分析，这操作过程还就其与其他科学分析室、动物房、测序中会心等协调，算是紧锣密鼓、“人莱斯科学分析不莱斯”。

“之前我们随时通过网络则会议讨论科学分析和资料。这让我一心起《横空出世》这部恐怖片，先辈为了仿造核爆须要从几百公之中外迅速往戈壁沙漠交盐水，昼夜不停、人莱斯车不莱斯。虽然我们这个工程建设远远比不上仿造核爆，但也算是在另外一个领域向他们自学和致敬吧。”赵永兵知道。

而尽管经历了这个小插曲，但是大家还是在来使短的时间内，接力赛启动了庞大的文书工作量。

另据称，这个工程建设的文书工作内容还有很多。如前所述，现在现在撰写两篇期刊。但是，还有不少资料和分析结果尚未披露，他也还在继续分析中会。

譬如，基于 Stripe factors 在维持线粒体组管控周边地区开放性的新功能，他正在分析 Stripe factors 在管控周边地区混合的扭转，是如何避免乳腺癌中会的核糖体管控的极其。

同时，也在混合可解释神经网络建模和科学分析方法有，来更进一步探寻核糖体表征错综复杂的共五同与 enhanceosome 构成关的的前提分析。

双左手 coding 双脚 pipetting

据介绍，赵永兵留校于华中会科技的学校微生物新技术机械工程。2014 年，他在中会科院北平线粒体组分析所获得机器自学博士学位，主要投身于新潮流线粒体组学算法和深入分析方法有的分析。

博士考入后他来到美国，先后在怀特养老院医学中会心和 NIH 投身于麻省理工学院分析。现在在 NIH 的职位是 Research Fellow，主要探寻一段距离是线粒体核糖体管控的前提。

他知道：“在我的经历之中，有一点比较有意思。我的本科机械工程是微生物新技术，统称科学分析一段距离的。从大二开始，我就去科学分析室跟着师弟师姐独自好好科学分析，自学各种微药理学科学分析新技术。但是，在大四选择博士机械工程一段距离的时候，我还是选择了微生物信息。”

主要理由在于，出于对数值机程序员的兴趣，的学校四年，他在数值机程序员上积累了比较好的基石。

而机器自学的机械工程一段距离，刚好混合了赵永兵在程序员和微生物上的绝对优势。显然这个选择是正确的。在中会科院线粒体组所两位他的学生的指导下，整个读博五年时间，他也算是比较得心应左手。

过来，他体则会到微药理学其本质上是一门科学分析性科学。所以，来美国好好麻省理工学院的时候，他选择了不具备好好科学分析条件的科学分析室。

在这样的环境中会，无论是科学分析物理现象还是科学分析操作上，赵永兵都学到了很多前沿的科学分析新技术譬如 CRISPR，反过来也助推了他的分析科学分析。

“一些朋友调侃，我是一支左手 coding 一支左手 pipetting，左撇子。”他知道。而对于更进一步只好，他知道：“回国际上发展依然是我的著左手，我只好近期开始联系国际上科研机构。”

参考资料：

1.Zhao, Y. (2022). TFSyntax: a database of transcription factors binding syntax in mammalian genomes. Nucleic Acids Research.

2.Zhao, Y., Vartak, S. V., Conte, A., Wang, X., Garcia, D. A., Stevens, E., ... & Casellas, R. (2022).“Stripe”transcription factors provide accessibility to co-binding partners in mammalian genomes. Molecular cell, 82(18), 3398-3411.

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